Cuando Nelson zarpó de Gibraltar, Napoleón se disponía a hacerlo de Tolón. El día 19 de mayo de 1798 la flota francesa salió del puerto para dirigirse hacia Malta, así que Nelson no disponía de tiempo suficiente para alcanzarlo y sorprenderlo. Como complicación adicional para el almirante inglés, a los tres días de zarpar, el 20 de mayo, tuvo que hacer frente a un violento temporal de levante que le causó serios desperfectos en la arboladura y, a no ser por la providencial decisión de Alexander Ball, quien acercó su barco hasta el Vanguard, y le lanzó un cabo de remolque, Nelson hubiera podido perder su barco. Ante la imposibilidad de acudir a las costas españolas enemigas remolcando al Vanguard, el Alexander se dirigió a Cerdeña para que repararan el aparejo, mientras Nelson enviaba las fragatas a Tolón. Al aproximarse a la isla, el fuerte oleaje estuvo a punto de estrellar ambos barcos contra las rocas y, pese a que Nelson ordenó a Ball que cortara las amarras y salvara su barco, el capitán del Alexander no lo abandonó. Finalmente, los ingleses lograron atracar y reparar la maltrecha arboladura del Vanguard y los desperfectos del Alexander.

A causa de estos retrasos, Nelson llegó al punto de encuentro convenido con sus fragatas, el día 28 de mayo, pero no encontró ni rastro de los barcos franceses, ni tampoco de las fragatas. Navegó por los alrededores sin divisar un solo navío enemigo, pero se encontró con un mercante francés que les informó de que la flota francesa había abandonado Tolón.

Más tarde, Nelson se topó con un bergantín inglés que le hizo señales; se trataba de su amigo Thomas Hardy quien le anunciaba la próxima llegada de nuevos refuerzos desde Gibraltar. Saint Vincent, quien había sido informado de la situación de Nelson por el Almirantazgo, le enviaba diez navíos de línea y una fragata para incorporarse a los navíos que debían perseguir a la flota francesa. El 7 de junio arribaron los refuerzos. Nelson se alegró mucho porque varios de los capitanes que habían llegado de Gibraltar eran antiguos amigos suyos, pertenecientes a la que él denominaba "banda de los hermanos", todos excelentes marinos y estrategas, y fieles hasta la muerte al gran almirante y a Inglaterra.

Pero ni Nelson ni sus capitanes tenían idea de la posición de los barcos franceses. Entre todos decidieron dirigirse hacia el este con el convencimiento de que Siria o Egipto eran el objetivo del francés. Sin embargo, ninguno de los marinos británicos creyó que, tal como temía el Almirantazgo, Napoleón navegara hacia las islas Británicas. Los ingleses tomaron la decisión de zarpar inmediatamente; se dirigieron a los más importantes puertos al este de Tolón, con la finalidad de obtener información. Al llegar a Nápoles se enteraron de que la flota francesa se dirigía a Malta. Nelson puso rumbo a la isla, pero al llegar a la costa de Sicilia el capitán de un barco mercante les informó de la toma de la isla y de la partida de la flota francesa hacia el este. Nelson, convencido definitivamente de que el destino de Napoleón era Egipto, se lanzó a toda vela tras el Bonaparte.

La flota francesa había tardado en llegar a Malta dos semanas y media y tomó la isla casi sin esfuerzo. Los Caballeros de la Orden de Malta, descendientes de los legendarios Caballeros Hospitalarios de la Orden de San Juan de Jerusalén, que se instalaron en la isla en 1530 por gracia del emperador de España Carlos I, ofrecieron una resistencia simbólica, pues se dieron cuenta de la imposibilidad de hacer frente al bosque de palos y velas que apareció en el horizonte. Napoleón desembarcó y tomó posesión de la isla en nombre de la República. Los soldados franceses expoliaron las riquezas de la capital, La Valletta, que no eran pocas, pues desde hacía siglos la principal fuente de riqueza de la isla era la piratería. La isla de Malta gozaba de una posición estratégica: situada en el centro del Mediterráneo, al sur de Sicilia, permitía controlar el tráfico marítimo procedente del este, uno de los principales objetivos tácticos de Napoleón en esta primera fase de la campaña egipcia.

El 19 de Junio de 1798, tras dejar una guarnición de 3.000 hombres, Napoleón ordenó embarcar a sus tropas y zarpó rumbo al sudeste. Su destino era Alejandría, la gran ciudad mediterránea de Egipto. En Malta, recibió el aviso de que Nelson iba tras él, por lo que extremó las precauciones defensivas de la flota: ordenó una formación cerrada, con los transportes de mercancías e intendencia en el centro y los navíos de línea por el exterior. De este modo, la flota francesa avanzaba con enorme lentitud, a una velocidad media de 3 nudos.

Entre el 22 y el 24 de junio de 1798, en el Mediterráneo oriental, la bruma era muy cerrada, y como que la velocidad de la flota inglesa era muy superior a la formación gala, adelantó a la flota francesa sin verla. Los que se apercibieron de la presencia de los británicos fueron los franceses, que oían en la distancia los cañonazos de señales que disparaban los ingleses que intentaban avistar a los barcos napoleónicos. Esta inequívoca señal de la presencia de la flota inglesa no alteró los planes de Napoleón, que sabía que no le quedaba más remedio que alcanzar Alejandría y desembarcar antes de ser interceptado por Nelson. Bonaparte era consciente de que sus barcos y sus oficiales no estaban preparados para un enfrentamiento en alta mar con la Royal Navy. Desconocía, sin embargo, el número de navíos que le perseguían y su potencial de ataque. Tampoco estaba seguro de que los ingleses supieran que se dirigía a Egipto, pero su carácter audaz y de firme apostador le llevó a seguir su plan hasta las últimas consecuencias.

El almirante Nelson llegó a la costa de Alejandría el 28 de junio, cuando la flota francesa se encontraba todavía al sur de Creta. Al no encontrar rastro de los franceses, los ingleses se preocuparon seriamente. La posibilidad de que se hubieran equivocado en sus apreciaciones y de que Napoleón estuviera a punto de invadir Inglaterra pasó entonces por su cabeza. Nelson deliberó con sus capitanes y todos estuvieron de acuerdo en que era muy probable que el capitán del mercante que les informó mintiera o estuviera equivocado. Pusieron rápidamente rumbo al oeste, en la ruta hacia Gibraltar, con los ojos bien abiertos por si divisaban algún bergantín británico que viniera a darles noticias del almirante Jervis. Éste estaba encargado del bloqueo del estrecho, ya que temían que la gran flota francesa hubiera atravesado el paso de Gibraltar. Decidieron, sin embargo, tomar tierra en Siracusa para indagar entre pescadores y marinos mercantes. Entre sus sensatas deducciones estaba la posibilidad de que si Napoleón hubiera navegado desde Malta hacia Gibraltar, forzosamente alguien tenía que haber avistado los numerosos barcos de la flota.

Mientras Nelson y sus barcos se dirigían a Siracusa, Napoleón llegó a Alejandría el 1 de julio, dos días después de la partida de los ingleses, y ordenó a su almirante François Paul de Brueys el bombardeo inmediato de la ciudad. Luego se informó de los movimientos de los ingleses. Los lugareños le confirmaron que una flota de 14 navíos de línea había abandonado la zona dos días antes. Ante la presión del inminente retorno de Nelson, Napoleón celebró un consejo con sus oficiales, a bordo del Orient, el buque insignia de Brueys, un navío de primera clase, de 120 cañones, el más poderoso de la flota francesa. El viento había rolado al norte arreciando, por lo que Brueys desaconsejó con su almirante ya que el puerto de Alejandría estaba muy bien fortificado y la bocana era estrecha, así que era previsible que, en caso de ataque, las bajas de los barcos que entraran en la dársena fueran cuantiosas. Brueys aconsejó esperar a que amainara la tormenta y desembarcar en la bahía de Abukir, situada a escasas millas al este del puerto de Alejandría, pero Napoleón no quiso perder ni un minuto y ordenó el desembarco en la playa de Marabur, situada a una docena de Kilómetros al oeste. El desembarco nocturno fue muy difícil y duro, pues el temporal no había amainado. Numerosas lanchas zozobraron y cayeron al agua muchos soldados que, cargados con las armas y pertrechos, se ahogaron irremediablemente. Napoleón, sin embargo, logró establecer una cabeza de playa y avanzó sólo con la infantería, al no poder desembarcar ni cañones ni caballos. Tras una larga marcha de noche, sin agua ni alimentos, a las 8 de la mañana del día tres de julio, Napoleón caía sobre Alejandría. Los mamelucos, feudatarios del sultán de Turquía, se rindieron antes del mediodía.

Napoleón quería tomar El Cairo de inmediato y discutió con Brueys la estrategia que debería seguir la flota. El general quería que los navíos de línea amarraran en el puerto de Alejandría disponer entonces de ellos. El almirante, por su parte, prefería regresar a Tolón o navegar hacia Corfú, lejos de los ingleses, y regresar cuando lo necesitara Napoleón. Para Brueys, el puerto de Alejandría era una ratonera de la que no podrían salir si Nelson les caía encima. Finalmente pactaron una solución: los navíos fondearían en la bahía de Abukir que, según Brueys, era mucho más fácil de defender que el puerto, y esperarían el desarrollo de los acontecimientos bélicos en tierra. Mientras tanto, Nelson navegaba hacia Siracusa, ajeno a lo que estaba ocurriendo en Alejandría. 

La bahía de Abukir tiene una extensión de costa de 30 millas y forma una larga curva entre dos de las desembocaduras del Nilo, al este del gran delta. Esta característica bahía fue el principal argumento que el almirante Brueys esgrimió ante Napoleón para fondear la flota, ya que, debido a la peculiar orografía de la zona, podían armar una enorme fortaleza flotante situando convenientemente los navíos de línea. La idea consistía en fondearlos en una zona lo más cercana posible a la peligrosa franja de bajos de arena de la costa, de modo que cerrara la bahía por ambos extremos. La presunción de Brueys era que los ingleses se vieran obligados a atacar por un solo lado, el de mar, y en éste, los franceses tendrían concentrada toda su potencia de fuego, unos 500 cañones, lo que les convertía, en teoría, en inexpugnables. Siguiendo esta formulación, Brueys ordenó colocar los 13 navíos en una línea, que formaba una larga curva a la entrada de la bahía, muy cerca del banco de arena e hizo colocar a las cuatro fragatas entre la costa y la línea. Brueys reforzó el "cerrojo" de la bahía instalando cuatro cañones y un mortero en tierra firme, en el extremo norte de la bahía. 

El 21 de julio de 1798, Napoleón libró en tierra la batalla de las Pirámides y derrotó definitivamente a los mamelucos. Durante este tiempo, Nelson, que había llegado a Siracusa sin encontrar rastro de Napoleón, debatía con sus capitanes la toma de decisiones ante la incertidumbre del paradero de la flota francesa. Finalmente acordaron navegar de vuelta hacia el este, convencidos de que si una flota tan numerosa como les habían descrito navegara hacia el oeste después de tomar Malta habría sido avistada forzosamente por pesqueros o mercantes. Los ingleses se convencieron de que los planes de Napoleón consistían en desembarcar en Grecia para atacar Rusia o bien a los intereses turcos desde los Balcanes, por lo que se dirigieron al Egeo. Finalmente, el 28 de julio, al sur del Peloponeso, desde un barco mercante les informaron que habían avistado la flota francesa al sur de Creta cuatro semanas antes; la flota se dirigía al sudeste, por lo que la habían pasado por alto dos veces. Nelson montó en cólera al haber perdido tanto tiempo, pero ya no tenía dudas: Napoleón estaba en Egipto.

Los ingleses calcularon que tardarían unos tres días en llegar al puerto de Alejandría, donde suponían que se había dirigido Napoleón. Nelson ordenó prácticas de tiro durante el viaje y encargó a sus oficiales que arengaran a sus hombres para el combate. No sabía con lo que se iba a encontrar en Egipto, pero supuso que Napoleón iniciaría una campaña tierra adentro, por lo que existía la posibilidad de que el grueso de la flota francesa hubiera regresado y, por consiguiente, ordenó a sus barcos navegar en formación abierta para, si fuera éste el caso, no volver a pasarla por alto.

A primeras horas de la mañana del 1 de agosto, la flota inglesa llegó a Alejandría y se encontró con la bandera francesa ondeando en las almenas de la fortificación del puerto y en el faro, pero no había ni rastro de sus barcos de guerra, tan sólo algunos transportes se encontraban atracados y fondeados en la rada. Nelson ordenó el despliegue de sus barcos para rastrear la costa del este, hacia las arenosas desembocaduras del Nilo, convencido de que en una de sus bahías se encontraría con los barcos franceses fondeados. Así fue; a las 14:30 h en punto, Sam Hood, que navegaba avanzado, mandó izar en el mástil de señales del Zealous la bandera de "avistamiento del enemigo". Fondeada en la bahía de Abukir, la flota francesa había sido localizada, la persecución había terminado y llegaba la hora de combatir.

Cuando el Vanguard llegó a las inmediaciones de la bahía, Nelson adivinó inmediatamente la estrategia francesa de permanecer fondeados y obligar al ataque por un solo costado. Esta posibilidad ya había sido estudiada por los capitanes ingleses y cada uno sabía lo que tenía que hacer: romper la línea del enemigo para envolver sus barcos en combates muy cercanos. Nelson, pues, ordenó izar inmediatamente la bandera de "preparados para el combate". Eran las 15:00 h y el almirante se dio cuenta de que las dos flotas contaban con 13 barcos de línea; pero aunque los navíos de su flota eran todos de 74 cañones, los franceses contaban con dos de 80 y uno, el buque insignia de Brueys, el Orient, de 120. Con la potencia de fuego concentrada en una banda, los franceses estaban en clara ventaja; pero Sam Hood se había apercibido del talón de Aquiles de la estrategia defensiva gala: entre el primer navío de la línea, el Guerrier, y la punta de la bahía había un espacio suficientemente amplio para que pasara un barco. El viento había rolado al noreste y los navíos franceses, inicialmente fondeados con viento del este, habían girado alrededor del ancla abriéndose mucho más el espacio entre el Guerrier y los bancos arenosos que constituían la principal defensa natural concebida por Brueys.

Nelson realizó un cálculo rápido del tiempo que tardaría su flota en recuperarse de forma adecuada. No fue hasta las 17:30 h cuando lo consiguieron para lanzar el ataque. La puesta de sol estaba cercana, así que el combate se prolongaría necesariamente hasta la noche. Era una decisión arriesgada, pero Nelson decidió no esperar. No podía dar tiempo a los franceses para cambiar su estrategia o intentar alguna maniobra nocturna desesperada. La brisa soplaba del noroeste y los franceses estaban situados casi directamente a sotavento; el factor sorpresa era esencial. Por su parte, Brueys, que había visto sobresaltado que sus peores presagios se habían cumplido, estaba convencido de que los ingleses no se atreverían a combatir de noche, sobre todo en una zona de bajos, y se preparó para un ataque al amanecer.

Sin embargo, Nelson, después de intercambiar impresiones con algunos de sus capitanes, ordenó un ataque inmediato. La táctica del almirante fue dividir la flota en dos grupos: el primero atacaría la línea francesa por su flanco de estribor, el de mar; el otro lo haría por la de babor, la más peligrosa, pues implicaba jugársela en los bancos de arena. Éste era el gran problema, pues los bajos se extendían al noreste y suroeste de la línea francesa. El único piloto inglés que tenia cartas náuticas fiables de la zona era el de Thomas Foley que comandaba el Goliath, quien poseía una carta francesa de la bahía de Abukir en la que los veriles -las líneas que señalan puntos de igual profundidad-, estaban trazados unos veinte años antes. La exactitud de la carta muy probablemente no era de fiar, pero los ingleses no tenían otra opción y Foley se había apercibido de la brecha abierta al noroeste de la línea francesa, por lo que decidió encabezar la columna que se abriría paso entre los franceses y la costa, donde se suponía que, por lo menos, habría más de 7 metros de profundidad.

De este modo, al izar por orden del almirante Nelson la bandera de "formación de batalla según convenga", el Goliath y el Zealous se lanzaron hacia el lado de babor del Guerrier, seguidos de cerca por los navíos Culloden, el Orion, el Audacious y el Theseus. Con los sondeadores en la red del bauprés gritando la profundidad constantemente, los ingleses iban a intentar lo que nunca hubiera imaginado Brueys: un ataque por el flanco de tierra. A la puesta del sol, el almirante Nelson izó su bandera favorita, "atacad al enemigo de cerca", y el segundo grupo de navíos de línea, encabezados por el Majestic se abalanzaron sobre los franceses por el flanco de mar. Los británicos se distribuyeron escogiendo sus barcos rivales con una táctica coherente y coordinada. La gran batalla había comenzado.

Thomas Foley, el capitán del Goliath, ordenó sondear mientras el navío avanzaba; se dio cuenta de que las cartas náuticas de la bahía con las que se guiaban ofrecían una información correcta: tenían espacio suficiente para cruzar a proa del Guerrier, el primer barco de la línea francesa. El capitán francés, como la mayoría de sus compatriotas, no había previsto un ataque por el flanco de babor y había organizado las cubiertas para concentrar el máximo potencial de fuego en la banda de estribor. Había ordenado despejar este lado del barco para dejar mayor espacio a los artilleros, estibando cajas y pertrechos en el lado contrario. De este modo, el acceso a las portas de los cañones de babor estaba bloqueado y, cuando el capitán se apercibió del ataque de la columna encabezada por el Goliath, fue demasiado tarde para desbloquear el acceso a las baterías de artillería de babor.

El Goliath cruzó la proa del Guerrier al que dejó maltrecho en la primera andanada, pues la descargó de enfilada, es decir, colocado perpendicularmente y descargando todas sus piezas en el sentido proa-popa. En esta posición, el buque francés Guerrier no podía disparar, ya que en la proa los navíos no disponían de potencia de fuego, y al estar anclado, tampoco podía maniobrar, por lo que el Goliath tuvo tiempo de descargar otra andanada. De este modo cuando el navío inglés se colocó en su costado de babor, el francés estaba ya fuera de fuego.

El Goliath aprovechó el caos de losfranceses para atacar de nuevo, detrozando el costado de babor del navío. Su intención era anclar junto al Guerrier y cañonear desde allí, de verga a verga, por la parte de babor, porque disponía de la suficiente profundidad para hacerlo. Pero el ancla no lo sujetó inmediatamente y avanzó garreando hacia el siguiente navío de línea, el Conquérant, así que abrió fuego contra éste. Mientras, el Zealous y el Teseus, que venían detrás del Goliath, atacaron con tal dureza al Guerrier con sus cañones cargados al máximo de metralla que los palos mayor y mesana cayeron en un par de minutos. El 74 cañones francés caía así, paradógicamente, víctima de su propia táctica de disparar con metralla al aparejo, un método de combate por el que los franceses sentían predilección y que habían perfeccionado durante los últimos cincuenta años.

En un intento de detener el avance del Goliath, la fragata Sérieuse abrió fuego contra el navío inglés. Fue una acción más heroica que cabal ya que la desproporción de fuerzas era tal que en dos andanadas el Goliath y el Orion, que avanzaban detrás del Theseus, la hundieron en pocos minutos. Fueron disparos certeros por debajo de línea de flotación, al más puro estilo inglés, tal como ordenó a sus artilleros Thomas Foley. La retaguardia francesa se desmoronaba.

En cuanto el quinto navío inglés, el Aidacious, se hubo colocado entre la línea francesa y los bajíos, Nelson encabezó el ataque desde el mar. El sol se ponía cuando el Majestic se abalanzó sobre los franceses por el exterior de la bahía. Nelson pretendía que sus barcos se distribuyeran escogiendo a sus rivales con una táctica coherente y coordinada. Los franceses estaban rodeados y sin capacidad de maniobra, tan sólo les quedaba resistir heroicamente y confiar en su potencial de fuego. Pero éste era inferior al de los entrenados artilleros ingleses.

Con la retaguardia francesa en plena confusión, los navíos ingleses se concentraron en la primera mitad de la línea francesa que recibió fuego durante una hora desde ambos lados, ya que Nelson había dejado espacio suficiente entre la cabecera de su vanguardia y sus otros navíos para que pudieran atravesar la línea francesa. De este modo, varios barcos ingleses rompieron la formación de los estáticos navíos franceses, enfilándolos hasta dos veces: una por la proa en la primera rotura de la línea y luego por la popa, al volver al lado de mar.

En aquel crepúsculo, el aire de la bahía de Abukir se llenó de humo y fogonazos y tembló por el rugido de cerca de 2.000 cañones en el cenit del combate.

Era ya de noche, hacía una hora y media que duraba el combate y los seis primeros navíos de la línea gala estaban absolutamente devastados, a excepción del Spartiate que resistía denodadamente. Francçois Paul Brueys observaba impotente desde el Orient, cómo había caído víctima de su propia táctica: había calculado mal el fondeo y había dejado sus barcos inmovilizados y lo que veía, un enemigo que no se detenía ante nada, acaudillado por la "banda de los hermanos" del almirante Nelson, era la crónica de la derrota que él mismo había provocado.

La batalla cesó dejando un sobrecogedor panorama de desolación y muerte. Una inmensa nube de humo cubría la bahía en cuyas aguas flotaban cuerpos calcinados, mutilados y ahogados junto a mástiles y barriles. El ataque inglés había sido ejecutado casi a la perfección; tan sólo sufrió un percance el Culloden de Thomas Troubridge, que embarrancó al no abrirse lo suficiente en el viraje a la isla de Abukir. La tripulación se puso a trabalar denodadamente para liberar el navío y poder entrar en combate, pero no logró que desembarrancara hasta el amanecer, cuando la batalla hubo concluido. El único consuelo de su capitán fue que las luces habían servido de faro durante la noche para evitar que otros barcos embarrancaran en los bajos.

Los ingleses capturaron 9 de los 13 navíos franceses, hundieron el Orient y el Timoleon, así como dos fragatas. Lograron escapar el Guillaume tell, el Généreux y dos de las fragatas situadas en la retaguardia gala. Los franceses concluyeron la contienda con 1.700 muertos y 3.000 heridos. Los ingleses no perdieron ningún barco, pero no quedó ninguno con todos los mástiles arbolados y sufrieron tantos desperfectos que no quedó operativo ni uno para un combate inmediato. Los ingleses sufrieron cerca de 300 bajas. Los barcos franceses capturados estaban en tal mal estado que sirvieron básicamente como provisión de maderas y herrajes para las reparaciones de emergencia de los navíos de Nelso.

La noticia de la destrucción de su flota le llegó a Napoleón al cabo de trece días, cuando éste se hallaba en la península del Sinaí. El general palideció, pero inmediatamente arengó a sus oficiales: "¡No tenemos flota, pues bien: hay que morir aquí o hacerse grandes como los antiguos! Este acontecimiento nos obliga a hacer grandes cosas. Y las haremos". Bonaparte envió una carta a la viuda de Brueys enalteciendo a su marido y ofreciéndole su apoyo, y luego otra al Directorio en la que culpaba a su almirante del desastre de la aniquilación de la flota. Durante los siguientes ocho meses Napoleón prosiguió la campaña hacia Siria encontrándose cada vez con mayores dificultades ya que Turquía, tras la invasión de Egipto, había declarado abiertamente la guerra a Francia. Aún así, el ejército de Bonaparte tomó El-Alrich el 20 de febrero de 1799 y Jaffa el 11 de marzo. A finales de este mes, con sus hombres extenuados, Napoleón Sitió San Juan de Acre.

En esta situación, Bonaparte recibió noticias de Francia donde el Directorio vivía una profunda crisis. Sus andanzas por Oriente Medio eran problemas lejanos en comparación con las amenazas que recibía la nación en Europa. Rusia, alarmada por los avances franceses en Egipto y Siria, que hacían peligrar Constantinopla, se alió con Austria para atacar a los galos en Italia y recuperar el fruto obtenido por Napoleón en su anterior campaña. La agitación política interna era muy intensa y en Bélgica y Holanda se alzaban las voces de los disidentes contra el Directorio.

Alarmado por lo que ocurría en París, Napoleón empezó a plantearse el regreso. Por otra parte, la deteriorada situación de su ejército no daba para más: unida al agotamiento y a las numerosas bajas, una epidemia de peste bubónica amenazaba con diezmarlo en poco tiempo; y la moral de sus soldados ya no la levantaban las arengas megalómanas del general. Por ello, Napoleón ordenó la retirada de Siria a mediados de abril y se replegó hacia Egipto. El 22 de agosto de 1799, dejó el mando de su ejército al general Jean-Baptiste Kléber y, sin que ni siquiera éste se enterara, Zarpó con el máximo secreto a bordo de la Muiron, una de las pocas fragatas que, atracadas en el puerto de Alejandría, se habían librado de la destrucción de Abukir.

Después de una navegación muy tensa, en la que la fragata tuvo que evitar ser sorprendida por la intensa vigilancia que los barcos ingleses habían impuesto en los puntos clave del Mediterráneo, el 9 de octubre de 1799, Napoleón y el grueso de los generales que le acompañaban lograron desembarcar en el puerto de San Rafael, una localidad situada al este de Tolón. Napoleón llegó a París el 16 del mismo mes, justo a tiempo para apoyar el golpe de estado que estaban planeando su hermano Lucien Bonaparte y Emmanuel-Joseph Sièyes contra el Directorio.

El 9 de noviembre se impuso el Consulado y Napoleón Bonaparte fue nombrado Primer Cónsul. Habían pasado sólo cinco semanas desde su poco honroso regreso de Oriente Medio y Napoleón se había convertido en el hombre fuerte de Francia; mientras, abandonado a su suerte, sin posibilidad de recibir refuerzos ni aprovisionamiento, el ejército francés en Egipto se desmoronó y se rindió ante el bloqueo inglés. Los turcos volvieron a gobernar Egipto de la mano de Mohamed Alí e Inglaterra se apropió de los descubrimientos arqueológicos realizados por los científicos franceses que se habían enrolado en la expedición napoleónica; entre ellos la famosa piedra Rosetta, pieza clave para la posterior interpretación de la escritura jeroglífica.

Tras la victoria del Nilo, la armada británica tenía que consolidar su dominio en el Mediterráneo y controlar la expansión francesa. El reino de las Dos Sicilias, que comprendía el sur de la península itálica y la isla de Sicilia, estaba seriamente amenazado por las conquistas que había realizado Napoleón en el norte de Italia; si caía en poder francés, la hegemonía naval británica se vería seriamente comprometida. La caída de Malta estaba en cierto modo compensada por la recuperación de Menorca por los ingleses un mes después de la batalla del Nilo, pero la caída de Sicilia no podía tolerarse. Por esta razón, una vez asentado el bloqueo de Alejandría, Nelson, de acuerdo con el Almirantazgo, decidió dirigirse hacia Nápoles para en, primer lugar, reparar parte de sus maltrechos navíos y, después, apoyar militarmente la corte de Fernando IV.

La terrible tormenta que sufrió la flota inglesa entre Creta y Sicilia aumentó los desperfectos de los navíos, y la necesidad de atracar y repararlos se hizo inaplazable. Los aparejos, muy estropeados a causa de los disparos de los franceses, sufrieron nuevas averías y el número de barcos desarbolados había aumentado considerablemente al llegar a Nápoles. El 22 de septiembre de 1798, Nelson arribó, con el Vanguard y su escuadrón, a la bahía de Nápoles. Toda la ciudad estaba de fiesta a causa de la victoria del Nilo y por la presencia de los ingleses. El rey Fernando IV y su esposa María Carolina de Austria les acogieron como auténticos salvadores de Italia. En Nápoles también encontró antiguos amigos suyos, como sir William Hamilton y su esposa Emma, que le brindó un efusivo recibimiento en el muelle napolitano. Sir William Hamilton, ministro británico en Nápoles, había conocido a Nelson en una de las escalas que éste había realizado anteriormente en la capital del reino y había entablado una buena amistad.

Una vez en Nápoles, Nelson procuró efectuar las reparaciones de sus navíos lo más rápidamente posible, mientras aconsejaba a Fernando IV para que realizara una campaña militar hacia Roma para hostigar a las ocupantes fuerzas francesas. Fernando llegó a la capital el 29 de octubre de 1798, pero la contraofensiva francesa lo obligó a huir de forma vergonzosa, resultando la incursión un total fracaso. Muy preocupados por la situación de amenaza que suponía para Nápoles tener las tropas francesas tan cerca, Nelson trasladó a la familia real a Sicilia para alejarla de una posible invasión. A finales de año, Fernando IV, agradecido a Nelson por los servicios prestados, le nombró conde de Brontë y le regaló una mansión en la región. El mito de la genialidad de Nelson marcó significativamente las guerras en el mar que iban a sucederse durante los siguientes siete años.